世間一般には３年に一度程度の割合で税務調査があると言われておりますが、一概には言えません。
どの会社を税務調査対象とするのかは、税務職員が個々の判断に基づいて行います。
コンピューターで無作為に選定するとか、どの会社も平等に調査しているわけではありません（ほとんど税務調査がない会社もありますし、毎年税務調査がある会社もあります）。
税務署には個々の会社ごとに、過去の申告のデータ等を整理した「税歴表」というものがあり、個々の調査官が自分の担当の会社の税暦表を見ながら税務調査先を選定します。
経験の浅い調査官の場合は統括官（課長扱い）が税務調査先を選定することもあります。
現実的には、税務署で重点業種（その時々で異なります）に指定されている業種に属する会社や売上規模が大きめの黒字の会社は税務調査の対象となりやすいといえます。急成長した会社や多額の貸倒がある会社、土地建物の取引があった会社、以前の税務調査で問題があった会社なども税務調査対象になりやすいと言えます。
調査には２種類あります。強制調査は、俗に言うマルサといわれるもので、国税局調査査察部の査察官が「捜査押収令状」を持ってくるものです。強制的に行われ日時・場所を選びません。事業所と取引銀行そして自宅に同時刻に一斉に来ます。脱税額が多額、悪質なものが対象になります。
任意調査は何をするにも納税者の承諾が必要で、書類を税務署に持ち帰ることも同様です。そしてプライバシーにまで任意調査は及びません。
税務署では任意調査をいろいろな分類に分けていますが、それは税務署の都合であってすべて任意調査です。
強制捜査まがいの任意調査を受けそうになった場合には強く抗議しましょう（国税局と税務署は似て異なるものです）。
予告のことを事前通知と言います。
「任意調査」にあっては事前通知のない場合、無条件に調査を受けなければならない義務はありません。
その日程についても納税者の都合が優先しますので、都合の良い日を打ち合わせしてその日は帰ってもらいましょう。（商売の妨げになっては税金も払えず本末転倒になってしまいます）。
税務調査を受ける事が決まった場合、総勘定元帳や領収書等の経理関係書類はいつでも見せれる状態にしておきましょう。
後は税理士とシュミレーションしたり、税務調査を受けるにあたっての心構えを聞いてみたりするもの良いかも知れません。
もちろん自社の経理に自信を持っておられる方は特に事前準備は必要ないでしょう。
まず税務職員の挨拶があります。その時に身分証明書を提示されますので、○○税務署法人○部門○部門・年齢・氏名をメモしておきましょう（身分証明書の提示は法律に規定されています）。
税務署員と対等に応対し、落ち着いて冷静に調査を受けるための第一歩がこれです。最初に慌ててしまってはいけません（税務職員に侮られます）。
税務職員には質問検査権というものが認められています。
それは必要があると認められるときにのみ認められ、いついかなるときも税務職員には税務調査をする権利が認められているわけではありません。
ですから、調査の際は税務調査理由を確認するようにします。
「売上を確認したい」「在庫数に疑問がある」「経費のこの点について疑問点があった」等、具体的な回答はほとんど無く、「長い期間、税務調査に来ていなかったから」という曖昧な回答がほとんどでしょうが、税務調査理由を求めることは、調査官に対するの牽制にもなりますので、是非聞いてみましょう。
所得税・法人税を問わず、納税者自らが計算・申告（税理士に依頼してる場合も同様です）して税金を払っています。
そのために労力と時間と費用をかけていますし、計算書も添付しているわけですから、調査理由を求めるのは当たり前の事です。
当然の事ながら、一般の方は税務調査を受ける事は少ないと思います（無い方もおられると思います）。なので、税務署員の質問に対し少なからずプレッシャーを抱かれるのは当然です。
だからといって焦る必要はありません。その様な状態で自信の無い曖昧な回答をしては誤解を招くことになりかねません。ですので、落ち着いてじっくり考えてから回答する事が重要です。
場合によっては後日回答しても良いくらいだと思います。
家族や従業員は納税者ではありませんから、調査を受ける義務はありません。
任意調査ですから、納税者の承諾がなければなりません。
この種の行為を黙ってみていると承諾したことになってしまいますので、強く抗議しましょう。
税務調査が終わった後、通常は税務署との折衝となります。
税務調査の際に、会社の経理処理の問題点を幾つか指摘されることになりますが、その様な場合でも会社の経理処理が完全に間違っている事はそんなにありません。
ですので、調査官に指摘されたから誤りをすぐに認めるのではなく、納得がいかない点については、何度でも理由を確認しましょう。
税務署の見解や要求を聞きながらも、どの程度なら納得できるか、じっくり時間や労力をかけて結論を得て下さい（調査官が根負けするかもしれません）。
それでも納得できない場合は、多大な労力と時間とお金を費やしますが、税金裁判という方法もあります。
